شكلت كتابات محمد عبده دافعاً فكرياً للثورة العربية عام 1881 وألقى بكلِ قواه في أتون حركتها حتى هزمت الثورة في أيلول/سبتمبر من العام نفسه، وقبض عليه وسجن 3 أشهر، وحكم عليه بالنفيِ خارج مصر لـ 3 سنواتٍ إلّا أنه ظل في منفاه نحوَ 6 سنين